Bardzo ważną gałęzią gospodarki apulijskiej jest uprawa oliwek, a region zajmuje pod tym względem pierwsze miejsce we Włoszech. Od około 2010 roku apulijskie gaje oliwne zaczęły wymierać w błyskawicznym tempie. Odpowiedzialna za taki stan rzeczy okazała się bakteria Xylella Fastidiosa, która przedostała się do Włoch z Ameryki. W ciągu dziesięciu lat trwania epidemii obumarło około 11 milionów drzew oliwnych. Zjawisko to może zmienić na zawsze charakterystykę przyrodniczą Apulii, a także niebezpiecznie rozprzestrzenić się w Europie. Wycinanie uschniętych, często wielowiekowych drzew, zmieni charakter tutejszej przyrody. Istnieje duże ryzyko że choroba rozprzestrzeni się także na sąsiednie regiony. Nie wyklucza się rozprzestrzenienia choroby także na sady cytrusowe i winnice. Objawem choroby jest stopniowe usychanie a potem obumieranie roślin. Wcześniej choroba atakowała w Brazylii czy Stanach Zjednoczonych, następnie przywędrowała do Europy. Z tego względu produkcja oliwy spadła w Apulii o około 40% a ok. 75% plantacji oliwnych jest na wymarciu. Xylella fastidiosa uważana jest za jedną z najbardziej niebezpiecznych bakterii dla roślin na świecie, nie jest więc to tylko problem włoski. Bakteria jest obecna głównie w regionach przybrzeżnych południowej Europy, ale potencjalnie może rozwinąć się w większości regionów Unii Europejskiej, z wyjątkiem obszarów położonych na dużych wysokościach. Ogniska choroby wykryto dotąd we Włoszech, Francji , Hiszpanii i Portugalii.